小南海水电站坝址坐落于重庆市巴南区鱼洞街道、大渡口区跳磴镇和江津区珞璜镇交界处，其中，坝址中洲隶属巴南区鱼洞街道大中坝，左岸为大渡口区跳磴镇南海村和沙沱村，右岸为江津区珞璜镇长合村和巴南区鱼洞街道天明村。水电站坝址上游距江津区珞璜镇约1km，距江津区主城几江街道约28.5km，下游距重庆市朝天门约40km。